### R code from vignette source 'mrbin.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: mrbin.Rnw:26-27 ################################################### cat(paste("Version",as.character(utils::packageVersion("mrbin")))) ################################################### ### code chunk number 2: mrbin.Rnw:88-89 ################################################### library(mrbin) ################################################### ### code chunk number 3: mrbin.Rnw:91-92 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-mrbin() ################################################### ### code chunk number 4: mrbin.Rnw:99-119 ################################################### results<-mrbin(silent=TRUE,#this suppresses all interactive prompts setDefault=FALSE, parameters=list(verbose=FALSE, dimension="1D", binwidth1D=.02, referenceScaling="Yes", removeSolvent="Yes", solventRegion=c(4.95,4.65), noiseRemoval="Yes", signal_to_noise1D=35, noiseThreshold=0.75, PQNScaling="No", fixNegatives="No", logTrafo="No", PCA="No",NMRvendor="mrbin", useAsNames="Spectrum titles", NMRfolders=c(system.file("extdata/1.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/2.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/3.mr1",package="mrbin")) )) ################################################### ### code chunk number 5: mrbin.Rnw:130-131 ################################################### setNoiseLevels(results,plotOnly=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: mrbin.Rnw:150-170 ################################################### results<-mrbin(silent=TRUE,#this suppresses all interactive prompts setDefault=FALSE, parameters=list(verbose=TRUE, dimension="1D", binwidth1D=.02, referenceScaling="Yes", removeSolvent="Yes", solventRegion=c(4.95,4.65), noiseRemoval="Yes", signal_to_noise1D=35, noiseThreshold=0.75, PQNScaling="No", fixNegatives="No", logTrafo="No", PCA="Yes",NMRvendor="mrbin", useAsNames="Spectrum titles", NMRfolders=c(system.file("extdata/1.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/2.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/3.mr1",package="mrbin")) )) ################################################### ### code chunk number 7: mrbin.Rnw:218-234 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-mrbin(parameters=list(dimension="1D", ## binwidth1D=.02, ## referenceScaling="Yes", ## removeSolvent="Yes", ## solventRegion=c(4.95,4.65), ## noiseRemoval="Yes", ## signal_to_noise1D=35, ## noiseThreshold=0.75, ## PQNScaling="No", ## fixNegatives="No", ## logTrafo="No",NMRvendor="mrbin", ## useAsNames="Spectrum titles", ## NMRfolders=c("C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/2/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/3/10/pdata/10") ## )) ################################################### ### code chunk number 8: mrbin.Rnw:242-245 (eval = FALSE) ################################################### ## NMRfolders=c("C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/2/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/3/10/pdata/10") ################################################### ### code chunk number 9: mrbin.Rnw:264-265 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-setNoiseLevels(results) ################################################### ### code chunk number 10: mrbin.Rnw:277-278 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-removeNoise(results) ################################################### ### code chunk number 11: mrbin.Rnw:283-284 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-atnv(results) ################################################### ### code chunk number 12: mrbin.Rnw:291-293 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-setDilutionFactors(results) ## results<-dilutionCorrection(results) ################################################### ### code chunk number 13: mrbin.Rnw:299-300 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-PQNScaling(results) ################################################### ### code chunk number 14: mrbin.Rnw:307-308 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-logTrafo(results) ################################################### ### code chunk number 15: mrbin.Rnw:315-316 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-unitVarianceScaling(results) ################################################### ### code chunk number 16: mrbin.Rnw:321-322 (eval = FALSE) ################################################### ## plotResults(results) ################################################### ### code chunk number 17: mrbin.Rnw:330-331 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-removeSpectrum(results) ################################################### ### code chunk number 18: mrbin.Rnw:339-340 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-metadatamrbin(results) ################################################### ### code chunk number 19: mrbin.Rnw:349-352 ################################################### results<-metadatamrbin(results,metadata=list( projectTitle="Test project", factors=factor(c("Control","Control","Treatment")))) ################################################### ### code chunk number 20: mrbin.Rnw:358-359 ################################################### plotPCA(results) ################################################### ### code chunk number 21: mrbin.Rnw:369-376 ################################################### #Annotate the dataset with signal identities metaboliteIdentities<-matrix(c(1.346,1.324,21,23, 3.052,3.043,30.5,33.5, 5.7,6.0,0,150), ncol=4,byrow=TRUE) rownames(metaboliteIdentities)<-c("Lactate","Creatinine","Urea") results<-annotatemrbin(results,metaboliteIdentities=metaboliteIdentities) ################################################### ### code chunk number 22: mrbin.Rnw:381-382 ################################################### plotPCA(results,loadings=TRUE,annotate=TRUE) ################################################### ### code chunk number 23: mrbin.Rnw:393-401 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-editmrbin( ## results, ## bins=results$bins,#omit this line if no changes are made to bins ## parameters=list(noiseThreshold=0.75), ## metadata=list(projectTitle="Test project"), ## comment="Changed title and noise parameters", ## transformations="Scaling"#If you change bins, provide a short explanation ## ) ################################################### ### code chunk number 24: mrbin.Rnw:406-407 (eval = FALSE) ################################################### ## results$changeLog ################################################### ### code chunk number 25: mrbin.Rnw:413-414 ################################################### checkmrbin(results) ################################################### ### code chunk number 26: mrbin.Rnw:422-438 (eval = FALSE) ################################################### ## results2D<-mrbin(setDefault=TRUE,parameters=list(dimension="2D", ## binwidth2D=0.3, ## binheight=4, ## removeSolvent="Yes", ## solventRegion=c(4.95,4.65), ## noiseRemoval="Yes", ## signal_to_noise2D=5, ## noiseThreshold=0.75, ## PQNScaling="No", ## fixNegatives="No", ## logTrafo="No", ## useAsNames="Spectrum titles", ## NMRfolders=c("C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/2/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/3/10/pdata/10"), ## NMRvendor="mrbin")) ################################################### ### code chunk number 27: mrbin.Rnw:440-459 ################################################### results2D<-mrbin(silent=TRUE,#this suppresses all interactive prompts setDefault=TRUE, parameters=list(verbose=TRUE, dimension="2D", binwidth2D=0.3, binheight=4, removeSolvent="Yes", solventRegion=c(4.95,4.65), noiseRemoval="Yes", signal_to_noise2D=5, noiseThreshold=0.75, PQNScaling="No", fixNegatives="No", logTrafo="No", useAsNames="Spectrum titles", NMRfolders=c(system.file("extdata/1.mr2",package="mrbin"), system.file("extdata/2.mr2",package="mrbin"), system.file("extdata/3.mr2",package="mrbin")), NMRvendor="mrbin")) ################################################### ### code chunk number 28: mrbin.Rnw:466-467 ################################################### setNoiseLevels(results2D,plotOnly=TRUE) ################################################### ### code chunk number 29: mrbin.Rnw:479-480 (eval = FALSE) ################################################### ## load("C:/Users/User/Documents/mrbin.Rdata") ################################################### ### code chunk number 30: mrbin.Rnw:488-491 ################################################### results2D<-metadatamrbin(results2D,metadata=list( projectTitle="Test project", factors=factor(c("Control","Control","Treatment")))) ################################################### ### code chunk number 31: mrbin.Rnw:497-498 ################################################### plotPCA(results2D) ################################################### ### code chunk number 32: mrbin.Rnw:504-511 ################################################### #Annotate the dataset with signal identities metaboliteIdentities<-matrix(c(1.346,1.324,21,23, 3.052,3.043,30.5,33.5, 5.7,6.0,0,150), ncol=4,byrow=TRUE) rownames(metaboliteIdentities)<-c("Lactate","Creatinine","Urea") results2D<-annotatemrbin(results2D,metaboliteIdentities=metaboliteIdentities) ################################################### ### code chunk number 33: mrbin.Rnw:516-517 ################################################### plotPCA(results2D,loadings=TRUE,annotate=TRUE) ################################################### ### code chunk number 34: mrbin.Rnw:526-549 (eval = FALSE) ################################################### ## results <- mrbin(parameters=list(dimension="1D",binMethod="Custom bin list", ## specialBinList=matrix(c(5.45,5.2,0,160, ## 2.9,2.74,0,160, ## 2.14,1.93,0,160, ## 1.41,1.2,0,160, ## 0.94,0.8,0,160, ## 2.44,2.2,0,160, ## 4.325,4.26,0,160 ## ),ncol=4,byrow=TRUE,dimnames=list(c( ## "-CH=CH- Methene", ## "=CH-CH2-CH= Diallylic", ## "-CH2-CH=CH- Allylic", ## "-CH2- Methylene", ## "-CH3 Methyl", ## "COO-CH2-CH2- Methylene_to_carboxyl", ## "Glycerol" ## ),NULL)), ## referenceScaling="Yes",reference1D=c(0.03,-0.03),removeSolvent="No", ## noiseRemoval="No",PQNScaling="No",fixNegatives="Yes",logTrafo="No", ## NMRfolders=c("C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/2/10/pdata/10", ## "C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/3/10/pdata/10") ## )) ################################################### ### code chunk number 35: mrbin.Rnw:569-570 (eval = FALSE) ################################################### ## results<-mrbin() ################################################### ### code chunk number 36: mrbin.Rnw:629-630 (eval = FALSE) ################################################### ## atnv(NMRdataMatrix,noiseLevelVector) ################################################### ### code chunk number 37: mrbin.Rnw:645-646 (eval = FALSE) ################################################### ## mrplot() ################################################### ### code chunk number 38: mrbin.Rnw:684-704 ################################################### metaboliteIdentities<-matrix(c(1.346,1.324,21,23, 4.12,4.1,70.8578,71.653, 3.052,3.043,30.5,33.5, 4.066,4.059,57,59.5, 2.582,2.479,46,49, 2.737,2.634,46,49), ncol=4,byrow=TRUE) rownames(metaboliteIdentities)<-c("Lactate","Lactate","Creatinine","Creatinine", "Citrate","Citrate") mrplot(folders=c(system.file("extdata/1.mr2",package="mrbin"), system.file("extdata/1.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/2.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/3.mr1",package="mrbin")), NMRvendor="mrbin",#default is "Bruker" dimensions=c("2D","1D","1D","1D"), zoom=c(2.8,2.4,20,60), highlight=c(2.564,2.537), binlist=c("2.725,2.675","2.575,2.525"), annotate=TRUE,metaboliteIdentities=metaboliteIdentities, plotTitle="Significant Bins",intensity1D=24,hideMenu=TRUE) ################################################### ### code chunk number 39: mrbin.Rnw:711-743 ################################################### # First create NMR bin data, then plot some differential bins. results<-mrbin(silent=TRUE,setDefault=TRUE,parameters=list(verbose=FALSE, dimension="1D",binwidth1D=0.01,PCA="No", showSpectrumPreview="No", signal_to_noise1D=25,noiseThreshold=0.75, useAsNames="Spectrum titles", NMRvendor="mrbin",#default is "Bruker" NMRfolders=c( system.file("extdata/1.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/2.mr1",package="mrbin"), system.file("extdata/3.mr1",package="mrbin")) )) metadata<-c(0,0,1) #Find significant signals pvalues<-rep(NA,ncol(results$bins)) names(pvalues)<-colnames(results$bins) for(i in 1:ncol(results$bins)){ model<-stats::lm(intensity~treatment, data=data.frame(intensity=results$bins[,i],treatment=metadata)) pvalues[i]<-stats::anova(model)$"Pr(>F)"[1] } significantBins<-names(sort(pvalues)[1:30]) #Annotate the dataset with signal identities metaboliteIdentities<-matrix(c(1.346,1.324,21,23, 3.052,3.043,30.5,33.5, 5.7,6.0,0,150), ncol=4,byrow=TRUE) rownames(metaboliteIdentities)<-c("Lactate","Creatinine","Urea") results<-annotatemrbin(results,metaboliteIdentities=metaboliteIdentities) mrheatmap(results=results, binlist=significantBins,annotate=TRUE, main="Significant signals",closeDevice=FALSE) ################################################### ### code chunk number 40: mrbin.Rnw:755-757 (eval = FALSE) ################################################### ## readBruker(dimension="1D",folder="C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10") ## plotNMR() ################################################### ### code chunk number 41: mrbin.Rnw:763-765 (eval = FALSE) ################################################### ## addToPlot(dimension="1D",folder="C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/10/pdata/10") ## plotNMR() ################################################### ### code chunk number 42: mrbin.Rnw:771-774 (eval = FALSE) ################################################### ## addToPlot(dimension="2D",NMRvendor="mrbin", ## folder="C:/Bruker/TopSpin/data/guest/nmr/1/12/pdata/10") ## plotNMR() ################################################### ### code chunk number 43: mrbin.Rnw:779-786 (eval = FALSE) ################################################### ## zoom(left=4.6, right=2, top=10, bottom=150) #Exact zoom ## zoomIn() #Zoom in ## zoomOut() #Zoom out ## intPlus() #Increase intensity ## intMin() #Decrease intensity ## left() #Move spectrum to the left ## right() #Move spectrum to the right ################################################### ### code chunk number 44: mrbin.Rnw:791-795 (eval = FALSE) ################################################### ## contMin() #Decrease minimum contour level (show more small peaks) ## contPlus() #Increase minimum contour level (remove small peaks) ## up() #Move spectrum up ## down() #Move spectrum down ################################################### ### code chunk number 45: mrbin.Rnw:815-833 (eval = FALSE) ################################################### ## #First, define group membership and create the example feature data ## group<-factor(c(rep("Group1",4),rep("Group2",5))) ## names(group)<-paste("Sample",1:9,sep="") ## dataset<-data.frame( ## Feature1=c(5.1,5.0,6.0,2.9,4.8,4.6,4.9,3.8,5.1), ## Feature2=c(2.6,4.0,3.2,1.2,3.1,2.1,4.5,6.1,1.3), ## Feature3=c(3.1,6.1,5.8,5.1,3.8,6.1,3.4,4.0,4.4), ## Feature4=c(5.3,5.2,3.1,2.7,3.2,2.8,5.9,5.8,3.1), ## Feature5=c(3.2,4.4,4.8,4.9,6.0,3.6,6.1,3.9,3.5), ## Feature6=c(6.8,6.7,7.2,7.0,7.3,7.1,7.2,6.9,6.8) ## ) ## rownames(dataset)<-names(group) ## #train the logit model ## mod<-glm(group~Feature1+Feature2+Feature3+Feature4+Feature5+Feature6, ## data=data.frame(group=group,dataset),family="binomial") ## fiaresults<-fia(model=mod,dataSet=dataset,factors=group, ## parameterNameData="newdata",firstLevel=0,type="response") ## fiaresults$scores